Фамилия Пуданов образована от прозвища или имени Пуд, Пудан, а принадлежность к роду передана стандартным русским суффиксом -ов. Суффикс указывает на прямое отчество: Пуданов — это «сын Пудана». Само прозвище Пуд в русской ономастике чаще всего связывают со старым названием меры веса — пуд (16,38 кг). Прозвище могли дать либо крупному, тяжеловесному человеку, либо торговцу, который отвешивал товар пудами. Второй вариант — от имени Пуд, которое в святцах встречается как мужское каноническое имя (от латинского pudicus — «стыдливый», «скромный»). Однако в народной среде имя Пуд чаще осмысляли именно по весовой единице, и прозвище закреплялось за реальными чертами человека.

Модель образования фамилии — типичная для центральных и северных русских областей, где отчества на -ов доминировали. Географически фамилия Пуданов встречается рассеянно, но заметный след оставила в Вятской губернии и на Урале. В документах XVII — начала XVIII века фиксируются крестьяне и посадские люди с основой Пуд: Пудко, Пуда, Пудок. Например, в переписных книгах Кайгородского уезда 1628 года упомянут крестьянин Пудко Иванов — это не фамилия, а прозвище, которое потом могло перейти в фамилию его потомкам.

Редкий суффикс -ан в основе Пудан может указывать на усечённую форму имени Пуд с увеличительным или пренебрежительным оттенком (как Иван — Ивана, Пётр — Петран). В таком случае Пудан — это «большой Пуд» или «Пуд с особым характером». Встречаются и однокоренные фамилии: Пудов, Пудовкин, Пудовинников (от пудовинник — торговец пудами), но Пуданов стоит отдельно — с иной суффиксальной цепочкой, что делает её менее распространённой.

В социальном плане носители фамилии Пуданов, скорее всего, происходили из крестьян или мещан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, а в списках купцов и ремесленников фамилия встречается единично. Это не массовая фамилия, а именно родовая, с локальной привязкой к северо-востоку Руси.