Фамилия Пуканавтов — редкий случай, когда основа не просто неочевидна, а выглядит как загадка. В русской ономастике нет устоявшейся модели, которая объясняла бы её прозрачно. Самое правдоподобное объяснение лежит в области искажений и диалектного произношения, а не в прямом значении.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия образована по стандартной патронимической модели: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Пуканавтов, то есть сын Пуканавта). Основа Пуканавт — вот где главная трудность. В русском языке нет ни имени, ни прозвища, ни профессии «пуканавт». Вряд ли это связано с «пукать» (издавать газы) — такое прозвище было бы слишком грубым и редким для фамилии, да и суффикс -авт нехарактерен для русских прозвищ.

Наиболее реальная версия — это фонетическое искажение или переосмысление более понятной фамилии. Обратите внимание на звучание: Пуканавтов очень близко к Пуканов или Пукановский, где корень «пук» может восходить к диалектному «пукать» (в некоторых говорах — «стрелять», «хлопать», «бить»). Прибавление -авт могло возникнуть из-за ошибочного написания или под влиянием иностранных фамилий (ср. Космонавтов, Астронавтов). В конце XIX — начале XX века, когда фамилии часто записывали на слух неграмотные писцы, «ПуканАвтов» могло появиться из «ПуканОвтов» — то есть от прозвища Пукан с суффиксом -овт (редкий, но встречающийся в личных именах, например, Иван — Ивановт).

Другая, менее вероятная гипотеза — связь с тюркскими или финно-угорскими корнями, так как суффикс -авт встречается в некоторых фамилиях Поволжья и Урала (например, Буланавтов). Но убедительных параллелей нет.

Географически фамилия почти не встречается в открытых источниках и списках распространённых русских фамилий. Это говорит о её крайней редкости, возможно, локальном бытовании в одной-двух семьях. Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или мещанская — сложная фамилия с неясной основой характерна для среды, где фамилии давали по случайным признакам или в результате ошибки писаря.

Таким образом, носитель фамилии Пуканавтов с высокой вероятностью потомок человека, чью фамилию исказили при записи. Исходная форма могла быть Пуканов или Пукановский, а корень «пук» — связан с глаголом «пукать» в значении «стрелять» или «хлопать» (например, прозвище охотника или того, кто громко хлопал дверью).