Фамилия Пукан — редкий пример, где прозвищная основа почти полностью вытеснила в сознании носителей языка своё исходное значение. На слух она кажется или грубоватой, или забавной, но на деле корень у неё совсем другой, и связан он не с тем, о чём можно подумать в первую очередь.

Словообразовательная модель здесь простая: суффикс -ан (вариант -ян) образовывал прозвища по характерному признаку. В русских говорах «пукать» означало не то, что в современном литературном языке, а «стрелять», «хлопать», «издавать глухой звук». Соответственно, Пукáн — человек, который пукает, то есть стреляет или шумит. Но не из ружья, а, например, громко топает, хлопает дверьми или работает с чем-то, что издаёт глухие удары. В некоторых диалектах «пуканом» называли и просто болтуна, пустомелю — того, кто «пукает языком».

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть от уменьшительной формы имени Пука — так в старину в новгородских и псковских землях называли Путислава или Путимира (от «путь»). Суффикс -ан в этом случае — просто фамильный, как в Иванов → Иван → Ивана. Но эта версия менее вероятна: имя Пука не зафиксировано в святцах и встречается только в редких грамотах как прозвище, а не каноническое имя.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: Псковская, Новгородская, Ленинградская области. Там же, кстати, бытуют и однокоренные фамилии — Пукин, Пуканов, Пукалов. Если предок нёс фамилию Пукан, он с высокой вероятностью был крестьянином или посадским человеком из этих краёв, получившим прозвище за манеру речи или за профессию, связанную с шумом (например, бондарь, кузнец или мельник).

В академических словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Пукан не разбирается отдельно, но модель «основа глагола + -ан» описана им как типичная для прозвищ, образованных от звукоподражательных глаголов. Так что этимология здесь прямая и не требует натяжек.

Итог коротко: Пукан — не про физиологию, а про звук или говор. Предки ваши, скорее всего, были людьми шумными или бойкими на язык, и фамилия закрепилась за ними в XVI–XVII веках на северо-западе Руси.