Фамилия Пуканова — женская форма фамилии Пуканов, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ов- указывает на типичную русскую патронимическую модель: так называли по отцу или главе семьи. Значит, родоначальника звали Пукан. Это прозвище, а не крестильное имя, и его значение прямое — от глагола «пукать» (издавать газы). В русских говорах слово «пукан» могло закрепиться за человеком с заметной особенностью пищеварения или за тем, кто часто и громко пускал ветры. Прозвища такого рода не считались грубой бранью, а были бытовой характеристикой — меткой, по которой человека легко запоминали в деревне.

В ономастике есть и другая версия: в некоторых диалектах «пукать» означало «стучать, колотить» (ср. «пукалка» — детское ружьё, стреляющее пробкой). Тогда Пуканом могли прозвать плотника, кузнеца или просто шумного, деятельного мужика. Но эта гипотеза слабее: основное значение глагола в народной речи всё-таки связано с физиологией, а стук чаще передавали словами «тукать», «стукать». Правдоподобнее, что фамилия отражает именно прозвище по физической черте.

Фамилия Пуканов встречается в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской, Тамбовской и Рязанской губерниях — там, где говор отличался склонностью к метким, нередко сниженным прозвищам. В дореволюционных переписях Пукановы числились преимущественно крестьянами и однодворцами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано: это однозначно фамилия низовых сословий, где прозвище давали без оглядки на благозвучие.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пукин, Пуккин, Пукалкин — показывает, что все они образованы от одного корня, но с разными суффиксами. Пуканова стоит в ряду самых прямолинейных: здесь нет уменьшительного -к- или игрового -лк-, только основа и стандартный патронимический суффикс. Это делает фамилию откровенной и даже грубоватой по меркам современного этикета, но для XVII–XIX веков такая прямота была обычным делом.