Фамилия Пупкян — яркий пример армянской модели фамилии, которая образована при помощи суффикса -ян, означающего принадлежность к роду или происхождение. В армянском языке этот суффикс (в старой орфографии — -янц) указывает на потомка, то есть Пупкян — это «из рода Пупка» или «сын Пупка». Основа фамилии — прозвище Пупк, которое, скорее всего, происходит от диалектного армянского слова «пупк» — «пупок», «пуп» или «центр». В переносном смысле так могли назвать человека с заметной физической особенностью (например, с большим или выпирающим животом), либо того, кто был «центром» в семье или общине — этаким стержнем.

Модель образования фамилии Пупкян необычна тем, что основа не является распространенным личным именем или названием профессии, а восходит к телесному прозвищу. В армянских фамилиях такие основы встречаются реже, чем, скажем, -ян от имен (Петросян, Ованнисян) или ремесел (Дарбинян — кузнец). Пупкян стоит в одном ряду с фамилиями вроде Таркян (от «тарк» — груша) или Мазманян (от «мазман» — прыщ), где прозвище было дано по внешности.

Географически фамилия Пупкян не привязана к одному региону Армении — она встречается как в западных областях исторической Армении (например, в окрестностях Вана и Муша), так и среди армянской диаспоры. В России и странах СНГ носители фамилии появились в результате массовых миграций конца XIX — начала XX века, спасаясь от геноцида. В советское время фамилия могла русифицироваться: в паспортах иногда писали Пупкян, но в быту произносили с твердым «к» и ударением на последний слог.

Если брать версию, что «пупк» — это еще и диалектное название какого-нибудь растения или инструмента (в некоторых говорах так называли небольшой горшок), то прозвище могло относиться к гончару или торговцу. Но это предположение менее вероятно, так как основной корень «пупк» в армянском языке почти везде связан с анатомией. Спорных версий здесь немного, и самая правдоподобная — прозвищная, от внешности.