Фамилия Пупляев — одна из тех, где за простым и даже чуть забавным звучанием стоит сугубо бытовая, а вовсе не анатомическая история. Соблазн связать её с «пупом» или «пупком» велик, но этимология здесь другая: в основе лежит не часть тела, а древнерусское нецерковное имя Пупляй. Такие имена на -яй (Пупляй, Кисляй, Худяй) были распространены в XV–XVII веках и часто описывали характер или поведение человека. Пупляй — скорее всего, «пуплень», то есть капризный, надутый, обидчивый ребёнок или взрослый, которого в насмешку прозвали «пупырём».

Суффикс -ев указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Пупляев — сын Пупляя. Если бы прозвище имело форму Пупля, фамилия звучала бы как Пуплин. Но форма на -яй дала именно -ев, а не -ин, что характерно для имён, оканчивающихся на мягкий согласный или -й. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования описаны как типичные для северо-восточных земель России, где имена с уменьшительно-пренебрежительным оттенком встречались особенно часто.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и поволжских областях — в архивах Рязанской, Тамбовской и Нижегородской губерний попадаются крестьяне и однодворцы с фамилией Пупляевы. Сословно это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия: в дворянских родословных книгах она не зафиксирована. Редкий вариант написания — Пупляев с двойной «п» (Пуппляев) — встречается в метрических книгах XIX века, но это, вероятно, ошибка писаря.

У фамилии есть «родственники» по корню: Пупков, Пупов, Пупкин. Но если Пупкин почти наверняка восходит к прозвищу от слова «пуп» (как у гоголевского персонажа), то Пупляев стоит особняком — его основа не анатомия, а прозвище-характеристика. Потому искать в этой фамилии медицинский подтекст не стоит: предки носителя фамилии были не «пупами», а людьми с не самым покладистым нравом, за что и получили своё прозвание.