Фамилия Пусторнакова, вероятно, является вариантом фамилии Пастернак (другие варианты — Постернак, Постарнак, Постерняк, Пустарнак, Пастерняк, Пастырнак). Скорее всего, она происходит от названия населённого пункта Пастернаки Дисненского уезда Виленской губернии. Соответственно, данная фамилия указывает на место жительства предка. Менее вероятно, что фамилия Пусторнакова восходит к названию овоща "пастернак". Например, только у евреев можно было встретить такие фамилии, как Вейценбаум, что в переводе с немецкого означало «пшеничное дерево», Зауэрштром – «кислый поток», Левенфиш – «рыба-лев», Цигенбаум – «козье дерево», Квечман – «высказываться неохотно».