Фамилия Пустоварин — относительно редкая, но прозрачная по смыслу. Её основа — слово «пустовар». Так в старину могли назвать человека, который варит пустое, то есть либо жидкую похлёбку без мяса и сала (постную или скудную еду), либо, в переносном смысле, занимается никчёмным делом, «варит воду». В русских говорах «пустовар» — это ещё и бранное прозвище плохого повара или того, кто попусту тратит припасы.

Модель образования здесь классическая для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность. Пустоварин — буквально «сын Пустовара» или «человек из семьи Пустоваровых». Суффикс -ин, в отличие от -ов, обычно присоединялся к основам на -а/-я, а также к прозвищам, оканчивающимся на согласный (в именительном падеже — Пустовар, в родительном — Пустовара, отсюда Пустоварин). Это типично для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге.

Интересно, что фамилия Пустоварин стоит в одном ряду с более известными «кулинарными» фамилиями — Пустовалов (от «пустовал» — ленивый работник) и Пустоваров. Но если Пустоваров образован от той же основы через суффикс -ов, то Пустоварин — через -ин, что может указывать на разную диалектную среду или даже на разное время закрепления фамилии. Возможно, предки носителей фамилии Пустоварин жили в местности, где преобладала «акающая» модель словообразования.

Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Фамилия не дворянская и не книжная, а прозвищная, бытовая. Она не несёт в себе указания на высокий статус, зато точно передаёт характерную деталь быта или нрава человека, которому её дали. Прозвище Пустовар могло закрепиться за поваром в артели, в барской усадьбе или в монастырской трапезной — везде, где качество еды было на виду и давало повод для насмешки.