Скорее всего, фамилия Пустовских образована от названия населенного пункта: в современной калужской области существует деревня Пустая, которая стоит на болоте Пустовский мох. Можно предположить, что родоначальник фамилии Пустовких родился, жил или приехал из этих мест. Само название, вероятно, восходит к слову "пустой". Русский фамильный суффикс -их, присоединенный к фамилии Пустовский, указывает на принадлежность к роду, семье, клану: "Вы чьих будете? В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Пустовской (Пустовский), со временем получил фамилию Пустовских.