Фамилия Пустинский образована от прозвища Пустиный. Оно ведет свое начало от нарицательного «пустынь» - «уединенное, тихое жилище», «монашеское поселение в традиции русского православия, обычно удалённый от основного монастыря скит». Прежде, пустынями называли небольшие мужские монашеские общины, имевшие обычно не более одного храма. Вероятно, прозвище либо содержало указание на социальное положение и религиозную принадлежность основателя фамилии (он мог быть монахом), либо отражало особенности места жительства предка (тихое, уединенное место). Согласно другой гипотезе, прозвище образовано от топонима Пустин — город в Калужской области России. В таком случае родоначальник Пустинских мог быть уроженцем или жителем этого населенного пункта. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пустиный, со временем получил фамилию Пустинский.