Фамилия Пустенко звучит на южнорусский и украинский лад. Её выдает суффикс -енко, который в XVI–XVII веках закрепился на землях современной Украины как основной патронимический показатель. Если московские фамилии на -ов отвечали на вопрос «чей сын?», то малороссийские на -енко буквально значили «маленький, молодой»: Пустенко — сын или потомок Пустого.

Основа здесь — прозвище Пустой. Не стоит сразу думать о бессодержательности или никчемности. В диалектах «пустой» часто означало «бедный, неимущий», «незаселенный» (например, пустой двор) или «свободный, ничем не занятый». Прозвище могли дать человеку, который жил на пустоши — новом, нераспаханном месте, либо тому, кто не имел хозяйства и скарба. В документах XVII века встречаются казаки и крестьяне с прозвищем Пустой, и фамилия от него образовывалась естественным путем.

Интересно, что в украинской ономастике существует целое гнездо похожих фамилий: Пустовий, Пустовит, Пустовалов, Пустогаров. Но Пустенко стоит особняком — у него нет второго корня, он прозрачен. Это указывает на то, что предок носителя, скорее всего, был выходцем из простых слоев: казаков, мещан или государственных крестьян. Дворянские фамилии с таким корнем редки.

Географически фамилия тяготеет к левобережной Украине и югу России, особенно к бывшим землям Слобожанщины и Запорожья. Встречается в Черниговской, Полтавской, Харьковской областях и в прилегающих районах России. Вариантов написания практически нет — Пустенко стабильно сохраняет форму, что говорит о сравнительно позднем оформлении (не раньше XVIII века), когда письменная фиксация уже была единообразной.

Таким образом, Пустенко — это не про пустоту, а про происхождение от человека, которого в своей среде называли Пустым: возможно, бедняка, новосела или одинокого хозяина. Никакой мистики, только социальная и географическая история.