Фамилия Пустовойтенко — украинская по форме и происхождению. Её основа — прозвище Пустовойт, а суффикс -енко указывает на прямое родство: так называли сына, внука или вообще потомка человека с таким прозвищем. В старой Украине фамилии на -енко были самой распространённой моделью, и Пустовойтенко в этом ряду звучит естественно: буквально «сын Пустовойта».

Корень прозвища — слово «войт». Так в западных украинских землях и в Польше называли сельского старосту, выборного главу общины. Войт ведал хозяйственными делами, собирал подати, судил мелкие тяжбы. Прозвище Пустовойт, скорее всего, получил староста, чьё село или собственное хозяйство разорилось. «Пусто» здесь — не брань, а горькая констатация: пожар, неурожай, эпидемия или набег могли оставить землю пустой, а бывшего войта — без средств и уважения.

Есть и вторая версия, более жёсткая. Прозвище могло иметь оценочный оттенок: односельчане звали так старосту, которого считали плохим хозяином, виновным в разорении. В таком случае Пустовойт — это «войт, при котором всё запустело», насмешливое и нелестное именование. Обе трактовки сходятся в одном: прозвище возникло в среде, где слово «войт» было обиходным, то есть на западе Украины или в Беларуси.

Интересно, что прозвище Пустовойт не осталось только в одной семье. Оно дало целый куст фамилий: Пустовойт, Пустовойтов, Пустовойтенко, а также Пустовойтюк в западных областях. Пустовойтенко — самая «сыновья» форма, распространённая в центральной и левобережной Украине, где суффикс -енко вытеснил другие варианты.

В документах прозвище быстро заменило наследственное имя. Для XVI–XVII веков это обычная история: человека записывали по прозвищу, и оно переходило к детям уже как фамилия. Так Пустовойтенко из описания одного человека превратилось в родовое имя, которое сегодня носят потомки тех самых войтов — удачливых или разорившихся, судить уже трудно.