Фамилия Пустовойтов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. В основе прозвища Пустовойт лежит нарицательное «войт», т.е. «сельский староста в западных районах». Скорее всего, это прозвище получил староста, владения которого были опустошены пожаром, голодом, эпидемией. Прозвище могло носить и оценочный характер: в этом случае односельчане, скорее всего, были недовольны своим старостой. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пустовойт, со временем получил фамилию Пустовойтов. О точном месте и времени возникновения фамилии Пустовойтов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пустовойтов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.