Фамилия Путит — редкий случай, когда прозвище застыло в форме глагольного приказа. Её основа — древнерусский повелительный глагол «пути́», то есть «пусти» или «отпусти». Так могли прозвать человека, который часто произносил это слово: например, строгого привратника, пропускавшего людей через ворота, или, наоборот, нетерпеливого просителя, постоянно твердившего «пусти!». В старину такие «командные» прозвища (Держи, Смотри, Терпи) давали не в насмешку, а по характерной черте поведения.

Фамилия образована по редкой, но устойчивой модели: от глагольной основы с суффиксом -ит. В русской ономастике этот суффикс чаще встречается в украинских и белорусских фамилиях (Кричит, Мовчит), но в северных и центральных говорах России он тоже бытовал, особенно в среде крестьян и посадских людей. Окончание -ов (Путитов) здесь не добавили — фамилия закрепилась в «чистом» виде, без патронимического суффикса, что указывает на её древнее, допетровское происхождение.

Вероятность того, что Путит — это искажённое имя Путила или Путислав, мала. Имя Путила (от «путь») действительно существовало, но от него образовалась бы фамилия Путилин, а не Путит. Гораздо логичнее видеть здесь глагольную основу: на это указывает и ударение (на последний слог), и параллели в диалектной лексике. В тверских говорах, например, «путить» означало «мешкать, задерживаться», а «путит» — «он медлит». Прозвище могли дать нерасторопному работнику.

Географически фамилия Путит встречается единично, в основном на северо-западе России — в Псковской и Новгородской областях, а также у староверов Прибалтики. Это подтверждает связь с древненовгородским диалектом, где повелительное наклонение часто сохраняло архаичные формы. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьян или ремесленников — людей, чьи прозвища редко записывали в официальные документы, поэтому фамилия и осталась столь редкой.