Фамилия Путькин образована от прозвища или мирского имени Путя, Путька. В древнерусском языке слово «путь» имело не только прямое значение «дорога», но и переносное — «польза, толк, удача». Отсюда и прозвище Путя, Путька могли дать человеку удачливому, расторопному или тому, кто хорошо знал дороги и был проводником. Впрочем, возможно и более простое объяснение: Путькой в некоторых говорах называли младенца, которого «путали» — то есть путали с другими детьми или давали имя-оберег, чтобы отвести беду.

Суффикс -ин в фамилии Путькин указывает на принадлежность: «чей?» — Путькин, то есть сын или потомок Путьки. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я. Такой способ словообразования был особенно распространён в северных и центральных областях России, где фамилии с суффиксом -ин встречаются чаще, чем на юге.

Интересно, что у фамилии Путькин есть «двойники» — Путин, Путяев, Путков. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами. Путькин стоит в одном ряду с фамилиями, где основа — краткая форма имени (Путя вместо Путислав или Путимир, которые действительно встречались в древнерусских летописях). Таким образом, предок носителя фамилии мог зваться Путькой, а его полное крестильное имя — неизвестно, но, скорее всего, оно было славянским, а не календарным.

География фамилии неширокая: Путькины встречаются в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её севернорусское происхождение. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — это фамилия крестьянская или мещанская. Никаких громких исторических личностей с такой фамилией не известно, что для рядовой русской фамилии совершенно нормально.