Фамилия Пужайкин образована от прозвища Пужайко, которое, в свою очередь, связано с глаголом «пужать» — то есть пугать, страшить. Смысл прозвища двоякий. С одной стороны, так могли назвать человека пугливого, всего опасающегося. С другой — того, кто сам любил пугать других, например, в шутку или для острастки. Вторая трактовка не менее правдоподобна: в старину прозвища часто давали по поведению, и «пужайло» или «пугач» могло закрепиться за человеком, который любил подшучивать таким нехитрым способом.

Суффикс -ко в основе Пужайко — характерная черта украинских, белорусских и южнорусских говоров. В этих землях уменьшительно-пренебрежительные формы личных имён и прозвищ на -ко были обычным делом. Поэтому можно предположить, что корни фамилии уходят в западнорусские или малороссийские территории, откуда предки носителей фамилии позже переселились в центральную Россию или Поволжье.

Дальше в игру вступает типично великорусский суффикс принадлежности -ин. Если бы предок звался Пужайко, то его дети и домочадцы были бы «Пужайкины» — то есть «чьи?» — принадлежащие Пужайке. Такой способ образования фамилий от прозвищ с конечным -ко был очень распространён: ср. Васька — Васькин, Гришка — Гришкин, а тут Пужайко — Пужайкин.

Интересно, что фамилия не слишком частая, но и не уникальная. Она встречается в разных регионах, что говорит о независимом возникновении в разных семьях: прозвище могло появиться в каждом селе самостоятельно, а фамилия закрепилась там, где род обосновался надолго. Точно проследить, когда и где именно это произошло впервые, невозможно — письменные источники по таким «бытовым» фамилиям скудны, а переписи населения фиксировали уже сложившиеся родовые именования.

Родственные фамилии — Пужайлов, Пужайло, Пугачёв. Последняя, кстати, знаменита благодаря Емельяну Пугачёву, но его прозвище, скорее всего, имело ту же основу — от «пугать». Так что Пужайкины, сами того не ведая, состоят в дальнем «родстве» с одной из самых громких фамилий русской истории, хотя и пошли от другого прозвищного варианта.