Фамилия Пужаенко — яркий пример украинской модели фамилий, образованной при помощи суффикса -енко. В украинской ономастике этот суффикс — один из самых распространённых; он исторически указывал на «сына» или «потомка» человека, чьё имя или прозвище легло в основу. То есть Пужаенко означает «сын Пужая» или «потомок Пужая».

Основа фамилии — прозвище Пужай. Скорее всего, оно происходит от глагола «пужать» — пугать, стращать. В диалектах и народной речи это слово могло относиться к человеку с громким голосом, суровым видом или резким поведением — тому, кто «пужал» окружающих. Не исключено, что прозвище давали и в ироничном смысле: человеку, который любил пугать других ради шутки, или же наоборот — тому, кто сам всего боялся. В старых русских говорах, особенно на юге и западе, слово «пужало» означало пугало в огороде, так что возможна и связь с этим значением — высокий, нескладный или одетый в лохмотья человек.

Географически фамилия Пужаенко тяготеет к украинским землям, особенно к центральным и восточным областям. Встречается она и в приграничных районах России, куда украинские фамилии активно проникали в XVII–XIX веках вместе с переселенцами. Встречаются варианты написания: Пужаенко и Пужаенко — оба корректны, разница лишь в графической передаче ударного звука.

По социальному происхождению носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками. В среде запорожского казачества прозвища были особенно разнообразны и часто отражали характер или внешность человека, а суффикс -енко закреплял принадлежность к роду. Таким образом, фамилия Пужаенко — живое напоминание о том, как меткое слово, данное предку, перешло в наследство и стало родовым именем.