Фамилия Пузинский образована по типичной восточнославянской модели с суффиксом -ский. Такие фамилии чаще всего принадлежали дворянству или духовенству, либо указывали на географическое происхождение человека — от названия местности, где он жил или владел землей. Основа «Пузин-» в данном случае может восходить к названию населенного пункта вроде Пузино, Пузынь или Пузичи. Подобные топонимы встречаются в Беларуси и на западе России. Например, деревня Пузино есть в Псковской области, а Пузичи — в Брестской. Следовательно, первый носитель фамилии мог получить ее по месту рождения или службы: «Пузинский» — значит «тот, кто из Пузина».

Менее вероятна, но возможна версия происхождения от прозвища или имени. В основе могло лежать слово «пузо» — живот, брюхо. Прозвище Пузя или Пуза давали человеку с заметным животом, либо, в переносном смысле, богатому и сытому. Однако в таком случае фамилия скорее приняла бы форму Пузин (с суффиксом -ин, указывающим на принадлежность отцу: «чей? — Пузин сын»). Форма Пузинский — это уже вторичное образование, что делает топонимическую версию более логичной.

Суффикс -ский в русских фамилиях часто указывал на более высокое социальное положение. В XVIII–XIX веках такую модель активно использовали при формировании фамилий семинаристов — их «переделывали» из бытовых в более благозвучные. Поэтому не исключено, что кто-то из предков Пузинских учился в духовной семинарии, и его фамилию «облагородили», прибавив типичное окончание.

В польском языке существует фамилия Puziński (Пузиньский), что указывает на возможные западнославянские корни. В Речи Посполитой топонимы с корнем «пуз-» также встречались, и после разделов Польши часть носителей могла оказаться в Российской империи, где написание адаптировалось под русскую орфографию — без мягкого знака, как Пузинский.

Таким образом, фамилия Пузинский с высокой долей вероятности происходит от названия места. Ее носители — потомки либо мелкопоместных дворян, либо выходцев из духовного сословия, либо переселенцев с западнорусских земель.