Фамилия Пыльненький — редкий случай, когда суффикс работает нестандартно. Обычно -еньк- в русских фамилиях указывает на польское или украинское происхождение (Ткаченко, Бондаренко), но здесь он стоит не после корня, а внутри основы. Скорее всего, перед нами не фамилия в привычном «дворянском» понимании, а прозвище, которое закрепилось за человеком в быту.

Корень очевиден — «пыль». Прозвище Пыльненький могли дать человеку, который постоянно был в пыли: мельнику, пекарю, дорожному рабочему, извозчику или крестьянину, чья работа связана с сухой землёй. В русских говорах слово «пыльный» имело и переносное значение — «мелочный, суетливый, ничтожный». Не исключено, что прозвище отражало не столько профессию, сколько характер: «Пыльненький» — человек невысокого роста, незаметный, как пылинка, или же, наоборот, слишком подвижный.

Форма с суффиксом -еньк- придаёт слову уменьшительно-ласкательный или уничижительный оттенок. В фамилиях такое встречается редко: обычно суффикс -еньк- появляется в украинских фамилиях на -енко, но здесь он присоединён напрямую к прилагательному. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в среде, где прозвища давали неофициально, в семье или на деревне, а потом закрепились документально через перепись.

Географически фамилия Пыльненький почти не встречается в центральных областях России. Она более характерна для южных регионов — Курской, Белгородской, Воронежской областей, где сказывалось влияние украинского языка и где суффикс -еньк- чувствовался естественно. В списках дворянских родов её нет — это однозначно крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не раньше XVIII века, когда начали массово закреплять прозвища за целыми семьями.

Сравните с однокоренными: Пыльнов, Пыльнев, Пыльников, Пыляев. В отличие от них, Пыльненький сохранил не только корень, но и эмоциональную окраску прозвища — это не просто «тот, кто связан с пылью», а «пыльный в ласковой или насмешливой форме». Такое окончание редко, но встречается у фамилий-прилагательных с суффиксом -еньк- (Сладенький, Мягенький), что делает Пыльненького интересным примером народной ономастики, где грамматика подчиняется живому языку, а не канцелярскому шаблону.