Фамилия Пыскина — женская форма, мужская — Пыскин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Пыска. Слово «пыскать» в русских говорах имело несколько значений: издавать резкий звук, шипеть, брызгать, а также — быстро и беспокойно двигаться, суетиться. Человек, получивший прозвище Пыска, мог быть либо очень торопливым, непоседливым, либо обладателем резкого голоса, либо тем, кто, например, работал с водой или паром (в кузнечном или банном деле). Есть и другая версия: в некоторых диалектах «пыска» — это морда, рыло животного. В этом случае прозвище могли дать по сходству с каким-либо зверем или по внешней особенности — например, за выдающиеся скулы или крупные губы. Такие прозвища были распространены в крестьянской среде, где человека часто называли не по имени, а по броской черте.

Словообразовательная модель фамилии простая: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — сын или потомок Пыски. Это типичная патронимическая модель для центральных и северных русских земель, где фамилии на -ин так же частотны, как на -ов. Географически фамилия Пыскин встречается в основном в Поволжье и некоторых областях центральной России, но нигде не образует плотных гнёзд — это редкая фамилия. В дореволюционных переписях носители Пыскины чаще всего числились государственными крестьянами или мещанами.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Пысков, Пыскарёв — показывает, что основа «пыск-» была в ходу у прозвищ, связанных с характером или звукоподражанием. Фамилия Пыскина не имеет отношения к дворянским родам и не фиксируется в родословных книгах — это стопроцентно народная, «говорящая» фамилия, которая прямо описывала предка по его поведению или внешности. Единственная сложность: в некоторых говорах слово «пыска» могло означать и деталь ткацкого станка, так что нельзя исключать, что прозвище дали мастеру-ткачу за его инструмент. Но основная версия — поведенческая или внешностная — остаётся самой убедительной.