Фамилия Рачиков — один из тех случаев, где внешняя простота скрывает неочевидную этимологию. На первый взгляд, корень «рач» наводит на мысль о раке (животном), но в русских фамилиях редки прямые зоологические прозвища без уничижительного оттенка. Вероятнее всего, основа здесь — не рак, а устаревшее слово «рачить», означавшее «стараться, усердствовать, заботиться». В словарях Даля и других источниках «рачитель» — это человек рачительный, усердный хозяин, попечитель. Прозвище Рачик могли дать крестьянину или ремесленнику за трудолюбие и хозяйственность.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов присоединился к прозвищу Рачик. Суффикс -ик здесь уменьшительный или принадлежностный, то есть Рачик — «маленький рачитель» или «сын рачителя». Фамилия Рачиков, таким образом, означает «сын Рачика» и относится к патронимическому типу. Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Ра́чиков, хотя в разговорной речи встречается и вариант с ударением на второй слог.

Географически фамилия встречается не повсеместно. Основные очаги — центральные области России (Тверская, Ярославская, Московская губернии) и Поволжье. В некоторых говорах слово «рачить» могло иметь иное значение: «скупиться, жалеть» (отсюда диалектное «рачливый» — скуповатый). Если прозвище возникло в такой среде, смысл меняется на противоположный. Но первая версия — от «рачительный, усердный» — встречается в ономастических работах чаще и выглядит убедительнее, так как положительные прозвища давали охотнее и они лучше приживались.

В документах XVII–XVIII веков встречаются отдельные упоминания крестьян и посадских людей с этой фамилией, но массового дворянского рода Рачиковых не сформировалось. Фамилия осталась в основном крестьянской и мещанской. Примечательно, что однокоренные фамилии — Рачинский, Рачков — образованы от той же основы, но с разными суффиксами, что указывает на разные регионы и модели словообразования. Рачиков — более архаичная форма, закрепившаяся именно в северо-восточных говорах.