Фамилия Раененко — редкий пример фамилии, где основа неочевидна, а суффикс указывает на украинское или белорусское происхождение. Модель образования типична для восточнославянских фамилий на -енко (в русской традиции часто осмыслялся как «сын» или «потомок»). Вопрос в том, что легло в основу: личное имя, прозвище или географическое название.

Самая прямая версия — от имени Рая, уменьшительной формы от Раиса или Рахиль. В украинской среде имя Рая могло дать форму Раенко (через суффикс -енко), а фамилия Раененко — это уже вторичное образование: от «Раенко» (сын Раи) добавили ещё один патронимический суффикс -енко, получив «внука» или «потомка Раенко». Такая двойная патронимия встречается, но редко; она закреплялась, когда первая фамилия на -енко переставала восприниматься как указание на отца и требовала уточнения.

Вторая, менее очевидная версия — связь с топонимом. На Украине есть несколько сёл с названием Раенки (например, в Хмельницкой области), а также Раевка, Раево. Житель такого села мог получить прозвище Раенко, а его дети — фамилию Раененко. Но если бы фамилия была строго топонимической, чаще встречался бы суффикс -ский (Раенский), так что версия с личным именем выглядит правдоподобнее.

Есть и редкая гипотеза о происхождении от древнерусского слова «рай» в значении «сад» или «огороженное место» — тогда прозвище Раенко мог получить садовод или огородник. Однако для такого корня характерны фамилии Раев, Раевский, а Раененко — слишком сложная конструкция, чтобы быть прямой профессиональной кличкой.

Фамилия почти не встречается за пределами Украины и юга России. По переписям XIX века единичные носители фиксировались в Полтавской и Харьковской губерниях. В современных базах Раененко — одна из самых редких фамилий, что говорит о её локальном бытовании и, вероятно, одной родовой линии.

Таким образом, скорее всего, предок носителя фамилии был «Раенко» — либо сын женщины по имени Рая, либо выходец из села Раенки. Второй суффикс закрепился, чтобы отличить род от других однофамильцев.