Фамилия Рафалец звучит редко, но её происхождение прослеживается довольно чётко. Перед нами типичная модель восточнославянской фамилии, образованной от имени через суффикс -ец. В основе лежит каноническое личное имя Рафаил, которое пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка и означает «Бог исцелил». Имя это было известно в церковной среде, но в народном быту встречалось нечасто, что и объясняет редкость самой фамилии.

Суффикс -ец в русских фамилиях выполнял несколько функций. Чаще всего он указывал на выходца из какой-либо местности (например, Тамбовец) или на принадлежность к определённому роду по имени отца. В случае с Рафалец суффикс присоединился к основе имени напрямую, минуя типичные патронимические суффиксы -ов или -ин. Такая модель была особенно характерна для южнорусских и украинских земель, а также для белорусского ареала. В украинской ономастике суффикс -ец нередко давал фамилии с оттенком уменьшительности или сыновней принадлежности: Рафалец — буквально «сын Рафаила» или «маленький Рафаил».

Интересно, что в польском языке существует фамилия Rafałek, образованная от той же основы через суффикс -ek. Русская форма Рафалец — это, по сути, восточнославянский аналог, где суффикс -ец заменил польский -ек. Фамилия могла возникнуть и как прозвище, данное человеку, носившему редкое имя Рафаил в семинарской или священнической среде. В духовном сословии любили давать «говорящие» имена, и фамилии на -ец нередко закреплялись за учениками бурсы.

География фамилии сегодня размыта, но корни её, скорее всего, ведут в западнорусские губернии — на территорию современной Беларуси, Украины или в Смоленскую область. Вариант написания с ударением на второй слог — Рафа́лец — более вероятен для русского произношения, хотя в украинском ударение могло падать на последний слог. В любом случае, носитель фамилии Рафалец может с уверенностью возводить свою родословную к предку, которого в крещении нарекли редким библейским именем Рафаил.