Фамилия Рекрутенко звучит так, будто её обладатель — потомок человека, имевшего прямое отношение к воинской повинности. И это первое, что приходит в голову: основа «рекрут» здесь очевидна. В Российской империи рекрутами называли новобранцев, набранных по рекрутской повинности, введённой Петром I. Однако в фамилии, образованной по украинской модели, носитель прозвища — не сам рекрут, а скорее его сын или подчинённый.

Суффикс -енко — типичный для украинских фамилий, означающий «малый», «сын» или «потомок». Рекрутенко — буквально «сын рекрута» или «тот, кто связан с рекрутом». Но прозвище «Рекрут» вряд ли давали самому солдату: рекрутскую службу, длившуюся 25 лет, воспринимали как тяжёлую повинность, и прозвище могло закрепиться за человеком, который вернулся со службы, либо за тем, кто занимался набором рекрутов — например, за писарем или старостой, отвечавшим за поставку людей в армию. В некоторых говорах «рекрутом» могли прозвать и просто высокого, статного парня, годного к службе.

Географически фамилия привязана к Левобережной Украине, особенно к Черниговской и Полтавской губерниям, где суффикс -енко доминировал. В метрических книгах XIX века Рекрутенко встречаются в основном среди казаков и крестьян. Интересно, что в отличие от русских фамилий на -ов (Рекрутов), которые тоже существуют, украинский вариант сохранил не только форму, но и социальный оттенок: он не превращает прозвище в абстрактную принадлежность, а прямо указывает на родство.

Других версий, кроме военной, у этой фамилии нет. Корень слишком конкретный, чтобы толковать его иначе. Спорным может быть лишь ударение: в украинском языке оно обычно падает на последний слог — Рекруте́нко, но в русском быту часто смещается на второй — Рекру́тенко. Оба варианта допустимы, но исторически первично южнорусское произношение.