Фамилия Рокунов — редкий случай, когда суффикс -ов крепится к основе, которая сама по себе звучит как фамилия. Чтобы понять её происхождение, нужно разобраться, откуда взялось слово «Рокун».

Самая прямая версия — прозвище Рокун. В русских говорах «рокотать» значит издавать гул, раскатистый звук. Рокуном могли назвать человека с низким, громким голосом, который «рокочет», или того, кто работал на шумном производстве, например, на мельнице или кузнице. Суффикс -ун в прозвищах активен и характерен для северных и центральных областей России: говорун, крикун, шатун. Рокун — из того же ряда.

Менее очевидный, но правдоподобный вариант — связь с именем Рок. В старину существовало календарное имя Рок (от латинского «рокус» — предсказание, судьба, или от греческого «рок» — рок, фатум). Имя редкое, но фиксируется в святцах. В этом случае Рокунов — отчество от уменьшительной формы Рокун: «сын Рокуна», то есть сын человека по имени Рок.

Есть и третья версия, географическая. В псковских и тверских говорах «рокуша» — это растение, похожее на осоку, или болотистое место. Прозвище Рокун мог получить человек, живший у такого болота. Но эта гипотеза менее убедительна: суффикс -ун редко образует прозвища от названий растений, обычно для этого используют -яй, -ай (Рокшай).

Фамилия Рокунов — одна из тех, что не имеет однозначного «дворянского» или «крестьянского» следа. Она встречается в записях XVII–XVIII веков на Русском Севере, в частности в Вологодской губернии, где прозвищные фамилии на -ун были особенно распространены. Это фамилия человека, получившего своё родовое имя по характерному признаку — голосу, занятию или редкому имени, которое почти исчезло из обихода.