Фамилия Рубайко ведет свое начало от прозвища Рубай, в основе которого лежит глагол «рубить». Это типичная для украинских и белорусских земель модель образования фамилий: к прозвищному имени Рубай добавили уменьшительно-притяжательный суффикс -ко, который изначально означал «сын Рубая» или «младший из рода Рубаев». Именно этот суффикс, а не окончание, и делает фамилию характерной для западнорусских территорий — на великорусском севере и востоке скорее закрепилась бы форма Рубаев.

Что значило само прозвище? Тут открывается несколько возможностей. Самая прямая версия — человека так назвали за ремесло. Рубай — это лесоруб, плотник или мясник, тот, чья работа связана с топором и рубкой. Но есть и другая, не менее интересная линия. В старину существовали так называемые «рубленые ратные люди» — ополчение, которое выставлялось по наряду от разрубов, то есть от определенных волостей и пригородов. Если предок носителя фамилии был таким воином, прозвище Рубай могло закрепиться за ним как указание на ратную службу.

Не исключено и третье значение: прозвище могли дать человеку, получившему рубленую рану или увечье на войне. Шрам от сабельного удара — приметная деталь, которая легко становилась уличным именем и затем переходила в род.

Позже прозвище Рубай, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. Так и возникла фамилия Рубайко, которая сегодня звучит как напоминание о предке — то ли умелом мастеровом человеке с топором, то ли о бывалом воине из старинного ополчения.