Фамилия Рубченков образована от прозвище Рубча, которое ведет свое начало от украинского прилагательного «рубчастий», что означает «человек с рубцами на теле». Таким образом, это прозвище указывало на особенности внешности его обладателя. Согласно другой версии, прозвище Рубча этимологически связано с глаголом «рубить». Так, Рубчей могли называть либо плотника, либо мясника, либо лесоруба. Со временем, вероятно, род Рубченко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Рубча, со временем получил фамилию Рубченков.