Фамилия Рубения — редкая, и её происхождение почти наверняка связано с кавказским регионом, в первую очередь с Арменией и Грузией. В русском языке она выглядит как искусственная или книжная, потому что не вписывается в привычные модели с суффиксами -ов, -ин или -ский. Здесь работает совсем другая логика.

Основа фамилии — имя Рубен. Это библейское имя, которое носил старший сын Иакова. В армянской традиции оно особенно распространено: в истории Армении было несколько царей по имени Рубен, в том числе основатель Киликийского армянского государства Рубен I. Окончание -ия в армянских фамилиях — типичный патронимический суффикс, указывающий на принадлежность к роду или происхождение. То есть Рубения буквально значит «из рода Рубена» или «потомок Рубена». В грузинском языке похожий суффикс -иа тоже образует фамилии от личных имён (например, Георгия, Давитиа), так что носитель фамилии мог быть и грузином, но армянская версия выглядит более вероятной из-за прямой связи с именем Рубен.

Встречается также вариант написания Рубениа — без «я» на конце, но это скорее исключение. В дореволюционных документах фамилию могли записывать на слух, поэтому возможны искажения: Рубенян, Рубенов или даже Рубенский, но именно форма Рубения сохранила «чистый» армянский суффикс.

Социальный контекст: носители фамилии в Российской империи — это, как правило, армянские купцы, священники или мещане, переселившиеся в города Закавказья или юга России. Дворянского статуса фамилия не имела, поскольку армянские роды редко входили в российское дворянство без специального подтверждения. Сейчас Рубения — редкая фамилия, и её носители живут в основном в Армении, Грузии и среди армянской диаспоры.

Есть и более спорная версия: связь с латинским rubens — «краснеющий» или «красный». Но она выглядит натянутой: для появления такой фамилии в русской или украинской среде нет исторических предпосылок, а в среде католического духовенства, где латынь была в ходу, фамилии образовывали иначе. Поэтому основная и единственно убедительная гипотеза — армянская патронимия.