Фамилия Рубенова — женская форма от Рубенов, и её происхождение почти наверняка связано с личным именем Рубен. В русской ономастике это имя имеет два основных источника, и оба ведут в разные эпохи и культуры.

Самый очевидный и распространённый вариант — от библейского имени Рувим (старший сын Иакова). В русской народной традиции это имя нередко переделывали или сокращали, и форма Рубен — одно из таких бытовых видоизменений. Через греческое посредство имя вошло в святцы, но в крестьянской среде, особенно на юге России и Украине, его могли произносить на свой лад, отбрасывая окончание. Тогда фамилия Рубенов (и Рубенова) означает «сын Рубена» или «принадлежащий Рубену» — типичная отчество-патронимическая модель на -ов.

Второй, не менее вероятный путь — армянское происхождение. Имя Рубен (Рубен) широко распространено в Армении, восходит к древнеармянскому родовому имени. В этом случае фамилия Рубенов — русифицированная форма армянской фамилии Рубенян или Рубенянц, которую при переезде в Российскую империю адаптировали под местную модель: заменили окончание -ян на русское -ов. Такая практика была массовой в XIX — начале XX века, особенно в южных губерниях и на Кавказе. Поэтому по фамилии Рубенова трудно с ходу определить этничность предка: она могла быть как у русского человека, носившего редкое календарное имя, так и у армянина, чью фамилию записали по-русски.

Суффикс -ов в основе указывает, что фамилия сложилась не раньше XVII века, когда эта модель стала доминирующей для русских фамилий, но могла появиться и позже, вплоть до начала XX века. Географически Рубеновы чаще встречаются на юге России, в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Армении и среди армянской диаспоры. Встречается также вариант с ударением на первый слог — Ру́бенов, что характерно для армянской традиции произношения.