Фамилия Рученко образована по типичной для украинского и южнорусского регионов модели с суффиксом -енко, который изначально означал «маленький», «сын» или «потомок». В основе лежит прозвище или имя Ручка, а оно, в свою очередь, восходит к слову «рука». В славянской ономастике это довольно распространённый корень, но трактовка его не всегда однозначна.

Самая прямая версия — прозвище Ручка могли дать человеку с заметными, сильными или ловкими руками: мастеру, ремесленнику, кузнецу. Не исключено и уменьшительно-ласкательное значение — так могли называть того, кто «был правой рукой» у хозяина, помощника, или же ребёнка, который постоянно просился на руки. В старину прозвища по частям тела давали не столько за внешность, сколько за характерную черту поведения или занятия.

Вторая, менее очевидная гипотеза — связь с древнерусским нецерковным именем Ручка. Такие имена-обереги, образованные от обыденных предметов, встречались в крестьянской среде. Родители могли назвать сына Ручкой, чтобы он рос работящим и «хватким». В этом случае Рученко — прямой патроним: сын Ручки.

Фамилия Рученко распространена в основном на территории современной Украины и в южных областях России. Её носители, скорее всего, происходили из казачьих или крестьянских сословий, где такие прозвища были обычным делом. В дворянских родословных эта фамилия не фиксируется, что подтверждает её народное, неаристократическое происхождение.

Стоит отличать Рученко от похожих фамилий: Ручкин (с русским суффиксом -ин) и Ручков (с суффиксом -ов). Рученко — типичный пример украинской патронимической модели, где суффикс -енко со временем перестал означать родство и закрепился как фамильный.