Фамилия Рухлеев образована от прозвища или нецерковного имени Рухлей. В её основе лежит древнерусское слово «рухлый» — ветхий, дряблый, непрочный. Так могли прозвать человека за хилое здоровье, слабость или преклонный возраст. В говорах слово «рухлый» означало также «рыхлый», «трухлявый», что могло относиться к характеру или внешности.

Суффикс -еев указывает на принадлежность: Рухлеев — сын Рухлея. Форма с -еев, а не с более частотным -ов, характерна для основ, оканчивающихся на мягкий согласный или й (Рухлей → Рухлеев). Это типичная патронимическая модель, распространённая среди русских фамилий, но с менее стандартным окончанием, что делает фамилию узнаваемой.

Географически фамилия редкая. Основные очаги бытования — центральные и северные регионы России, где слово «рухлый» фиксируется в диалектной лексике. Встречается также в среде старообрядцев, где прозвища по физическим качествам были обычны.

Спорных версий происхождения немного. Иногда корень связывают с глаголом «рушить» (ломать, разрушать), но это менее вероятно: прилагательное «рухлый» даёт более прямое объяснение прозвища. Связь с тюркскими корнями не подтверждается — фамилия явно славянская по словообразованию и фонетике.

Фамилия не получила широкой известности и не фиксируется в дворянских родословных книгах. Её носители, скорее всего, принадлежали к крестьянскому или мещанскому сословию. В современных справочниках по русским фамилиям (например, в работах Б. Унбегауна) она не упоминается, что говорит о её локальном характере.