Фамилия Рундукова — женская форма фамилии Рундуков, и ключ к её происхождению лежит в слове «рундук». В древнерусском языке и северных говорах рундук — это не просто сундук или лавка с подъемной крышкой, а ещё и крыльцо с навесом, помост, а в морском деле — ступеньки у мачты. Многозначность слова породила несколько версий, и самая простая из них — прозвище Рундук могли дать плотнику или столяру, который делал такие сундуки-рундуки. Но есть и другая, более живая: в архангельских и поморских говорах рундуком называли важного, медлительного человека, который «сидит, как рундук» — неповоротливо и солидно. В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком с таким характером.

Суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель образования фамилии от прозвища или имени, оканчивающегося на твердый согласный: Рундук → Рундуков → Рундукова. Это патронимическая (или отпрозвищная) фамилия, которая буквально означает «сын (или потомок) Рундука». Форма на -ова — женский вариант, традиционно закреплявшийся за женами и дочерьми Рундуковых.

Географически фамилия Рундуков тяготеет к северу России. В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с такой фамилией в Вологодской, Архангельской и Олонецкой губерниях. Это согласуется с диалектным значением слова «рундук» как крыльца или помоста — в деревянном зодчестве Русского Севера рундуки были обязательным элементом дома. Возможно, предки носителей фамилии жили в домах с характерными крыльцами-рундуками, и это стало их отличительным признаком среди соседей.

Интересно, что фамилия Рундуков не имеет отношения к тюркским или финно-угорским корням, хотя на слух может показаться заимствованной. Это чисто славянское образование от бытового предмета или диалектного прозвища. Встречается и вариант написания Рундюков, но он менее распространен и скорее связан с местным произношением.