Фамилия Рупакова — женская форма фамилии Рупаков, и её происхождение напрямую связано с мужским прозвищем или именем Рупак. Чтобы понять корни, стоит разобрать само слово «рупак». В русских говорах, особенно в северных и сибирских, «рупак» — это устаревшее название невыделанной овчины, шкуры, а также тулупа или полушубка из такой овчины. Слово происходит от древнерусского «рупити» — «делать грубым, мять кожу». Второе, менее очевидное значение — «крупный, грубый человек» (от «рупить» — «быть грубым, шероховатым»). Таким образом, прозвище Рупак могли дать либо скорняку, выделывавшему овчины, либо человеку с грубой внешностью или нравом.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от прозвищ: Рупак + -ов = Рупаков, что буквально означает «сын Рупака» или «принадлежащий Рупаку». Фамилия не относится к дворянским или священническим — она крестьянская, ремесленная. Географически корни стоит искать в центральных и северных регионах России, где было развито овчинное производство, — в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях. Встречается фамилия и в Сибири, куда переселенцы принесли своё прозвище.

Ономастический словарь Б. Унбегауна не выделяет Рупакова в отдельную статью, но аналогичные фамилии (Тулупов, Шубников, Кожевников) подтверждают «профессиональную» модель. Спорные версии, связывающие фамилию с тюркским «рупа» (видимо, искажение), — слабы, так как слово «рупак» фиксируется именно в русских диалектах. Так что предки Рупаковых, скорее всего, были мастерами по выделке кож или просто людьми с крепким, «рубленым» характером.