Фамилия Рапакова — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает антропонимический. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён или прозвищ, Рапакова почти наверняка восходит к топониму — названию реки Рапак или Рапако. Такие названия встречаются в Карелии и на Кольском полуострове, в зоне исторического расселения саамов и карелов. Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность («чей?»), а значит, предок носителя фамилии был либо выходцем с этой реки, либо владельцем земли на ней. Форма Рапакова — женская, мужской вариант, соответственно, Рапаков.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает основу с прозвищем от диалектного глагола «рапать» — в некоторых говорах так называли небрежную, торопливую работу или возню. Однако эта версия слаба: глагол редок, а фамилия чётко привязана к северо-западному региону, где топонимика с корнем «рап-» встречается часто (например, река Рапка в Ленинградской области). Если бы прозвище было распространённым, мы бы видели фамилию Рапаков в центральных и южных областях, но её там почти нет.

Суффиксальная модель проста: основа Рапак- плюс типичный русский патронимический суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Рапа́кова. В дореволюционных переписях фамилия могла записываться с вариациями: Рапаков, Рапако́в, но современный вариант стабилен. Сословная принадлежность предков неясна — фамилия не дворянская, не купеческая, скорее крестьянская или мещанская, но точных данных нет. В справочниках по ономастике Рапакова не фигурирует как «громкая» фамилия, и это нормально: большинство русских фамилий именно такие — локальные, без громких носителей, но с чёткой географической привязкой.