Фамилия Рутченко — яркий пример украинской модели фамильного суффикса -енко, который в XVI–XVII веках закрепился на Левобережной и Слободской Украине. Этот суффикс изначально означал «маленький» или «сын»: Рутченко — сын или потомок человека по имени или прозвищу Рутко.

Корень «Рут-» в ономастике неоднозначен. Самая прямая версия — от прозвища Рутка, которое могло восходить к украинскому «рута» — душистое растение, символ девичьей чистоты в народных песнях. Человека могли назвать Руткой за любовь к этому растению, за занятие травничеством или просто по ассоциации с горьковатым запахом — прозвища по растениям в украинской среде были обычным делом. Менее вероятна, но возможна связь с древнерусским «рути» (рыть, копать) — тогда Рутка могло быть прозвищем копателя или землекопа. В польском языке «ruta» — то же растение, что делает версию с рутой основной, особенно для фамилий, бытующих на западе Украины и в приграничных с Польшей областях.

Фамилия Рутченко распространена прежде всего на юге и востоке Украины: в Днепропетровской, Запорожской, Донецкой областях. Встречается и в России, но реже, и обычно указывает на украинские корни носителя. Интересно, что в некоторых говорах «рутка» могло означать и мелкую монету — тогда прозвище получал человек, связанный с деньгами или торговлей, но эта версия менее подкреплена источниками.

Социально фамилия Рутченко, как и большинство на -енко, изначально принадлежала крестьянским и казацким родам — суффикс активно использовался в среде запорожского казачества и свободных земледельцев. В дворянские фамилии с таким окончанием попадали редко, чаще всего через пожалование или выслугу. Если искать параллели, то однокоренные Рутко, Рутковский, Руткевич — все они восходят к тому же корню, но с разными славянскими суффиксами, что показывает, насколько разнообразно одно прозвище могло обрастать фамильными окончаниями в разных регионах.