Фамилия Сафрутин образована от имени Сафрута — производной, «домашней» формы канонического имени Софрон (Софроний). В переводе с греческого это имя означает «здравомыслящий, благоразумный». Потомок человека, которого в быту звали Сафрутой, со временем получил фамилию Сафрутин.

Разберем цепочку превращений. Исходное имя Софрон в народной речи часто произносили как Сафрон — это типичное «аканье», когда безударная «о» звучит как «а». От этой обиходной формы и пошло уменьшительное Сафрута. Суффикс «-ут-» здесь характерен для севернорусских говоров: так ласково или сокращенно звали людей, например, Гаврила — Гаврута, Аника — Аникута. Форма Сафрута, в свою очередь, дала основу для фамилии с патронимическим суффиксом «-ин», который указывает на принадлежность: Сафрутин буквально значит «сын Сафруты».

Стоит уточнить, что фамилии с суффиксом «-ин» обычно образовывались от основ, оканчивающихся на «а» или «я», что полностью совпадает с именем Сафрута. Сама фамилия довольно редкая и несет в себе отпечаток простонародной, диалектной традиции имянаречения. Если бы предок носил полное церковное имя Софрон, фамилия звучала бы иначе — Софронов или Сафронов. Вариант же Сафрутин фиксирует именно ту живую форму имени, которую использовали в повседневном общении, а не в церковных записях.

Географически такие «усеченные» имена с суффиксом «-ут» чаще встречались на Русском Севере и в Поволжье, где была сильна традиция бытовых прозвищных имен. Однако точных данных о распространении именно фамилии Сафрутин в открытых источниках мало, поэтому говорить о конкретном регионе как о единственном месте ее возникновения нельзя. Ясно одно: фамилия относится к древнему пласту русских семейных именований, возникших не от прозвища или ремесла, а от личного имени предка.