Фамилия Сафутдинова — женская форма мужской фамилии Сафутдинов. В основе лежит арабское составное имя Сафутдин, которое переводят как «чистота веры» или «лучший из верующих» (сафу — «чистота, лучшая часть», дин — «вера, религия»). Такие имена были характерны для мусульманских народов, особенно татар и башкир, и часто давались мальчикам в семьях с крепкими религиозными традициями.

Словообразовательная модель типична для тюркских фамилий, русифицированных через суффикс -ов/-ев. Основа Сафутдин (с ударением, скорее всего, на последний слог) после присоединения суффикса дала форму Сафутдинов. Женский вариант получился добавлением окончания -а. Интересно, что имя Сафутдин — не самый распространённый вариант, чаще встречается Сафиуллин или Сафин. Сафутдин — более редкая, локальная форма, что может указывать на происхождение из конкретного региона, например из Закамья или южного Урала, где такие диалектные варианты бытовали.

Географически фамилия Сафутдинова сосредоточена в Поволжье и Приуралье: Татарстан, Башкортостан, Удмуртия, Оренбургская область. Встречается и в Средней Азии, куда переселялись поволжские татары в XIX–XX веках. По социальному происхождению носители чаще всего были из крестьян или мещан, поскольку мусульманские фамилии такого типа закреплялись в основном за податными сословиями, а не за дворянством. Духовенство (муллы) тоже могло носить такие фамилии, но тогда в основе чаще стояло бы имя с элементом «хазрет» или «гали».

Однокоренные фамилии — Сафин, Сафиуллин, Сафуанов. Все они восходят к одному корню «саф», но различаются суффиксами и огласовкой. Сафутдинова стоит ближе к полному арабскому имени, а не к сокращённому прозвищу, что говорит о сравнительно позднем оформлении фамилии (конец XIX — начало XX века), когда в метриках уже записывали полное имя отца.