Фамилия Саханькова — женская форма мужской фамилии Саханьков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Саханько, которое, скорее всего, образовано от слова «сахан» или его производных. В южнорусских и украинских говорах «сахан» — это сосуд, кувшин или большая миска. Человек с таким прозвищем мог быть гончаром, торговцем посудой или просто обладателем заметной черты внешности (например, любитель поесть, «пузатый», как кувшин).

Суффикс -к- в основе Саханько уменьшительно-ласкательный, что типично для прозвищ, закрепившихся в качестве фамилий на территории современной Украины и юга России. Фамильный суффикс -ов (в женской форме -ова) указывает на принадлежность: буквально «сын Саханько». Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Саханько́ва, хотя в разговорной речи встречаются варианты.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным областям России и востоку Украины. В дореволюционных переписях Саханьковы встречались в Курской, Воронежской и Харьковской губерниях. Это объясняется ареалом украинского слова «сахан»: в северных говорах его почти не знали.

Редкий случай — возможная связь с тюркским корнем. В казахском и татарском языках «сахан» означает «сокол» или «хищная птица». Версия маловероятна для славянской фамилии с суффиксом -к-, но полностью исключать её нельзя: прозвище Сахан мог получить охотник, державший ловчих птиц. Однако форма Саханько с уменьшительным суффиксом указывает скорее на бытовое, негероическое происхождение — не сокол, а кувшин.

По сословной принадлежности Саханьковы, судя по географии и основе, относились к крестьянам или мещанам. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не зафиксировано.