Фамилия Саханина, как и парная ей мужская форма Саханин, образована от имени или прозвища Саханя. В народной русской традиции это одна из просторечных форм канонического имени Александр, которое в переводе с греческого означает «мужественный». Такое сокращение возникло естественным путём: от Александр через промежуточные ступени вроде Саша или Саня народная речь породила и ласковую форму Саханя. Подобные усечённые имена в старину не считались обидными — наоборот, они звучали тепло и по-домашнему, а позже закреплялись за человеком в документах.

Модель образования проста: к основе Сахан- добавили притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность. Первоначально Саханин означало «сын Сахани», то есть ребёнок или потомок того, кого звали Саханя. Такая схема типична для русских фамилий, возникших в среде крестьян, посадских людей и мелких служилых — то есть там, где имя отца естественным образом переходило в фамилию следующего поколения. Основатель рода Саханиных, судя по всему, был выходцем из простого сословия: в дворянских родословных росписях эта фамилия не встречается, и её простонародное звучание подтверждает крестьянское или мещанское происхождение.

Впрочем, нельзя полностью исключать и другой путь. В некоторых говорах Саханя могло быть самостоятельным прозвищем, связанным с диалектным словом «сахан» — так в южнорусских областях иногда называли большую чашу, миску или ковш. Прозвища по предметам домашней утвари давали людям с округлой фигурой, любящим поесть или, наоборот, мастеру, делавшему такую посуду. Эта версия менее вероятна: имя Александр было настолько распространено, что его уменьшительные формы встречались в каждом селе, и для фамилии чаще брали именно их, а не редкое бытовое слово. Но полностью отбрасывать её не стоит — ономастика знает немало случаев, когда одинаково звучащие фамилии имели разные корни в разных регионах.

Суффикс -ин в фамилии Саханина указывает на то, что родоначальник жил в центральной или северной части России, где такая модель преобладала. В Поволжье и на юге чаще использовали -ов/-ев, поэтому Саханиных больше всего в старых русских областях — от Тверской и Ярославской до Вологодской и Архангельской. Точной географической привязки по всей стране нет, но общая картина расселения носителей фамилии укладывается в этот ареал.

Сегодня фамилия Саханина встречается нечасто, но не является исчезающей. Её носители живут по всей России, и для многих из них вопрос происхождения родового имени остаётся открытым. Ответ на него прост: за фамилией стоит живой человек — Саханя, которого так звали домашние, а позже это имя перешло к его детям и внукам, став их родовым знаком.