Основой фамилии Саханенко послужило мирское имя Сахан. Фамилия Саханенко образована от имени Сахан – нецерковного варианта имени Александр (в переводе с греческого – «мужественный»). Согласно другой, менее правдоподобной версии, в основе этой фамилии лежит прозвище Сахан, которое могло быть образовано от нарицательного «саховня» - «жареная говядина с приправами» или «сахта» - «торфяное болото». В этом случае фамилия Саханенко содержит указание любимое блюдо или место проживания предка. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Сахан, со временем получил фамилию Саханенко.