Фамилия Саханенко образована от мирского имени Сахан — так в народе нередко называли Александра. Имя Александр пришло из греческого языка и значит «мужественный», однако в быту церковная форма часто заменялась более короткими и привычными вариантами. Сахан — один из таких народных вариантов, и именно он стал основой фамилии. Суффикс -енко, типичный для украинской ономастики, указывает на потомка: исходно Саханенко — это «сын Сахана», а со временем форма закрепилась как фамилия.

Существует и вторая, менее правдоподобная версия, которая выводит основу из прозвища. Согласно ей, Саханом могли прозвать человека по связи с нарицательными словами — «саховня», то есть жареная говядина с приправами, или «сахта» — торфяное болото. В таком случае фамилия указывала бы либо на любовь предка к определённому блюду, либо на место его проживания. Однако эта гипотеза выглядит натянутой: связь между личным именем Сахан и этими редкими словами слабая, а имя Александр в народных формах давало множество подобных производных. Поэтому версия о происхождении от имени остаётся основной.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: основа Сахан- плюс патронимический суффикс -енко, который в украинской традиции вытеснял великорусские -ов и -ин и указывал на прямого потомка. Такая модель была особенно распространена в Левобережной Украине и на Слобожанщине, где фамилии на -енко фиксировались с XVII века. Саханенко — яркий пример этой региональной традиции, и география бытования фамилии до сих пор тяготеет к украинским землям и югу России.