Фамилия Самалюс — редкий пример, в котором на стыке славянской и балтийской языковых традиций образовалась необычная словоформа. Скорее всего, перед нами литовская или жемайтийская фамилия, адаптированная к русской письменности. В литовском языке существует фамилия Samalius или Samalis, а также её женский вариант Samalienė. Основа — samanos (мох) или samalai (мелкие частицы, труха). То есть прозвище Самалюс могли дать человеку с очень светлыми, «моховыми» волосами или тому, кто занимался просеиванием, размолом зерна — работал с мелкой пылью и «трухой».

Суффикс -ус характерен для мужских литовских фамилий, особенно в северной и северо-восточной частях Литвы, а также на территории бывшей Виленской губернии. При переходе в русскую среду окончание сохранили, и фамилия застыла в исходной балтийской форме, без привычного для восточных славян суффикса -ов/-ин. Поэтому носитель фамилии Самалюс с высокой вероятностью происходит из литовских или белорусско-литовских земель, где в XIX — начале XX века фиксировали такие прозвища в метрических книгах.

Есть и другая, менее распространённая версия: в основе может лежать греческое имя Самуил, которое в народной речи на окраинах Речи Посполитой звучало как Самалюс. Но тогда фамилия скорее приняла бы форму Самуйлов или Самулевич. Поскольку перед нами именно «Самалюс», балтийское происхождение выглядит убедительнее.

Сословно фамилия не привязана к дворянству — это типичное крестьянское или мещанское прозвание. Встречается единично, в основном на западе России и в Беларуси, единичные записи есть в Латвии. Носителям фамилии стоит искать корни в метриках Ковенской, Виленской или Сувалкской губерний.