Фамилия Самалюков — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, особенность произношения или региональный говор. Если разобрать её по частям, то корень «Самал» — это не что иное, как диалектная форма имени Самуил. В южнорусских и украинских говорах звук «у» нередко переходил в «а» под влиянием аканья, а «ил» на конце мог редуцироваться до «ал». Так библейское имя Самуил, означающее «услышанный Богом», в народной речи превратилось в Самала.

Суффикс -юк — характерный украинский, белорусский и южнорусский патронимический суффикс, уменьшительно-ласкательный. Он указывает на сына, потомка: Самалюк — «маленький Самал» или «сын Самала». Финальное -ов — это уже обрусевшая приставка, которую часто добавляли при переезде носителей в центральные или северные регионы России, чтобы фамилия звучала привычно для великорусского уха. Таким образом, Самалюков — это «внук Самала», а изначально — «сын Самуила».

Интересно, что полная форма «Самалюков» встречается реже, чем исходная «Самалюк». Это говорит о том, что предки носителя фамилии, вероятно, были выходцами с территории современной Украины или юга России (Курская, Белгородская, Воронежская области), где фамилии на -юк обычны. Позже, в ходе миграций, к основе добавили русский суффикс принадлежности, и фамилия закрепилась в таком виде.

Версия о том, что «Самал» — это прозвище от глагола «самлить» (медлить, копаться) или от тюркского «самал» (ветерок), маловероятна. Первая не объясняет суффикс -юк, вторая — не имеет устойчивых параллелей в славянской антропонимии. Самое правдоподобное объяснение — это церковное имя, прошедшее через народную переделку и два этапа суффиксации.

Сословно предки Самалюковых, скорее всего, были крестьянами или мещанами. Фамилии на -юк редко встречались у дворянства, которое предпочитало формы на -ский или -ов без уменьшительных суффиксов. Носитель этой фамилии может с высокой долей уверенности считать, что его родословная уходит корнями в крестьянскую среду Малороссии или южных губерний Российской империи.