Фамилия Самареин — редкий случай, когда географическое название напрямую, без посредников, легло в основу родового имени. Перед нами не типичная фамилия на -ов/-ев, а форма с суффиксом -ин, указывающая на принадлежность: «чей?» — самареин, то есть «человек из Самары». В старом русском языке название города или местности легко превращалось в прозвище приезжего: «Самареин» — тот, кто родом с Самары или из Самарского края.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна. Основа «Самар-» (от названия города на Волге, основанного в XVI веке), суффикс -еин, который является фонетическим вариантом -янин (сравните: «римлянин» и «самарянин»). Со временем окончание -янин в фамилиях часто редуцировалось до -ин, а гласная «е» возникла на стыке корня и суффикса. Таким образом, Самареин — это не «сын Самары», а именно «житель Самары», что отличает её от более массовых фамилий, образованных от крестильных имён или прозвищ.

Географически фамилия должна была возникнуть за пределами самого города. В Самаре местных жителей называли бы по другим признакам (ремеслу, отцу), а вот переселенца в другом регионе легко могли окрестить «Самареиным». Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, покинул Поволжье и осел в другом месте — на Урале, в Сибири или в центральных губерниях. Фамилия нечастотная, что подтверждает её локальное, а не массовое происхождение.

В ономастике подобные фамилии относят к «географическим» или «топонимическим». В отличие от фамилий на -ский (Самарский), которые могли даваться дворянам по названию поместья, фамилия на -ин (Самареин) — демократичнее, она типична для крестьян, мещан или купцов, чьё прозвище закрепилось в документах по месту выхода. Сравните с однокоренными формами: Самарин (более распространённая, но могла быть образована и от имени Самара, Самарка), Самарцев (указывает на принадлежность к общине), Самарский. Самареин стоит особняком, сохранив архаичную модель словообразования.

В написании фамилии возможна путаница: двойное «е» (Самареин) не должно вводить в заблуждение. Это не опечатка и не попытка «украсить» фамилию, а закономерный результат слияния корня и суффикса. В дореволюционных метриках могли писать и «Самареин», и «Самарянин», но современная форма закрепилась именно с «е».