Фамилия Самарец в подавляющем большинстве случаев отсылает к названию города Самара. Это типичная модель именования по месту жительства: так в старину называли выходца из этих мест. Человек, переехавший в другой регион, получал прозвище «Самарец», которое затем закреплялось за его потомками как фамилия. Особенно активно такие прозвища распространялись в XVI–XVII веках, когда шло активное освоение Поволжья и крепость Самара превращалась в крупный торговый и административный центр. Поэтому можно предположить, что фамилия начала складываться именно в этот период, хотя письменные свидетельства могли фиксировать её и позже.

Суффикс -ец в данном случае указывает на принадлежность к местности: он даёт ответ на вопрос «откуда человек?». Аналогичным образом образованы фамилии Томец, Казанец, Москвич (хотя здесь другая модель). Ударение в фамилии падает на второй слог — Самáрец, что соответствует логике словообразования от названия города.

Менее вероятной, но всё же возможной, представляется связь с нарицательным словом «самара». В диалектах русского языка так называли длиннополую крестьянскую одежду, что-то вроде кафтана или армяка. В этом случае фамилия могла бы относиться к прозвищам, данным по характерной одежде, но такая трактовка выглядит надуманной. Во-первых, слово «самара» в этом значении было распространено довольно узко, во-вторых, прозвища по одежде обычно образовывались иначе, например, от названия конкретного предмета гардероба. Топонимическая версия намного логичнее и подкрепляется массовостью подобных фамилий, возникших от названий городов и сёл.

Интересно, что фамилия Самарец не получила широкого распространения по всей России. Она осталась локальной, встречаясь преимущественно в Поволжье и в тех регионах, куда активно переселялись жители Самарской губернии: в Сибирь, на Урал, в Среднюю Азию. Это ещё раз подтверждает её происхождение от конкретного географического названия, а не от нарицательного слова, которое бытовало бы повсеместно.