Фамилия Самарцес — редкий случай, когда форма на -ес не является ни украинской, ни польской, а скорее всего, представляет собой искусственную или позднюю запись. В русской традиции фамилии на -ес почти не встречаются; это окончание характерно для румынского (Мойсес, Думитреску) или латышского языков (Цирулес, Берзиньш), но для Самарцес такое объяснение маловероятно.

Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени Самарец через присоединение суффикса -ес, что могло произойти при адаптации в иноязычной среде (например, в прибалтийских губерниях Российской империи, где окончание -ес иногда добавляли к русским основам). Если же отбросить суффикс, основа Самар- восходит либо к названию города Самара (житель Самары — самарец), либо к древнерусскому нецерковному имени Самар — так называли человека, родившегося во время поста или связанного с монашеской трапезой (от «самар» — постная пища в некоторых диалектах).

Версия с географическим прозвищем выглядит правдоподобнее: предок мог быть выходцем из Самары или Самарской луки, а фамилию дали по месту жительства. Однако форма Самарцес вместо ожидаемого Самарцев или Самарский указывает на то, что носители фамилии либо долго жили за пределами основной России, либо фамилия была записана в документах с ошибкой — например, писарь мог заменить -ев на -ес под влиянием местного говора.

Социальный контекст неясен: фамилия не встречается в дворянских родословных книгах и не фиксируется в массовых переписях XIX века. Скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не раньше середины XVIII века, когда начали массово закреплять прозвища за семьями. Уникальность фамилии в том, что она сохранила нестандартное окончание, которое делает её «отличницей» среди типичных русских фамилий на -ов/-ев, и это может быть ключом к поиску предков в регионах с сильным балтийским или немецким влиянием.