Фамилия Самочёрная — редкая и нестандартная по своей внутренней форме. Она не вписывается в привычную модель «имя + суффикс принадлежности» (Иванов, Петров). Её основа — глагол «чернить» (делать чёрным, порочить, клеветать) или прилагательное «чёрный» в соединении с возвратным местоимением «сам». Получается буквально «сама себя чернящая» или «самочернящая».

Такое слово могло быть прозвищем, но не в бытовом, а скорее в ироническом или охранительном смысле. В русской народной традиции существовал обычай давать «отпугивающие» имена и прозвища — чтобы отвести от человека зло. Ребёнка могли назвать Некрасом, чтобы он вырос красивым, или Злобой — чтобы стал добрым. «Самочёрная» — того же ряда: прозвище для девушки или женщины, которое как бы говорило: «она сама себя чернит», то есть не зазнаётся, хулит себя, чтобы не сглазили. Либо это могло быть прозвище за привычку постоянно себя ругать, жаловаться на свою судьбу.

Географически фамилия почти не встречается в центральных и южных областях России. Она характерна для северных и северо-западных регионов, где были распространены фамилии на -ой, -ая, -ея (например, Молчанова, Весёлая). В старых писцовых книгах Новгородской и Вологодской губерний можно найти единичные упоминания крестьянок с таким прозвищем. Обратите внимание: окончание -ая указывает на то, что фамилия изначально была женской, но закрепилась как неизменяемая форма для всех членов семьи. Мужской вариант — Самочёрный — встречается ещё реже.

С точки зрения словообразования здесь редкий случай: не суффикс, а целая конструкция «само-» + корень + суффикс прилагательного. Аналогов немного: Самовитая, Самокрутова. Такие фамилии почти всегда указывают на прозвище, а не на профессию или место жительства. Если искать однокоренные, то это Чёрная, Чернов, Черняев — но «Самочёрная» стоит особняком.

Никаких известных исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано. В современных телефонных справочниках и базах данных она встречается единично, в основном на Урале и в Сибири — куда переселились северные крестьяне в XVIII–XIX веках. Так что носитель фамилии Самочёрная, скорее всего, потомок вольной или государственной крестьянки из-под Вологды или Архангельска, получившей когда-то насмешливое или оберегающее прозвище.