Фамилия Санаткари — редкий случай, когда фамилия почти наверняка не русская, а тюркская или кавказская по происхождению, при этом её основа прозрачна для носителя русского языка лишь отчасти. Слово «санат» в тюркских языках (например, в казахском, татарском, башкирском) означает «искусство», «ремесло», «мастерство». Вторая часть — «кари» — может восходить к арабскому «кари» (قارئ), то есть «чтец», «декламатор» (чаще всего — чтец Корана). Таким образом, Санаткари — это сложение двух корней: «санат» (ремесло, искусство) и «кари» (чтец). В буквальном смысле: «мастер чтения» или «искусный чтец». Это профессиональное прозвище человека, который славился красивым, выразительным чтением — скорее всего, религиозных текстов. В мусульманской среде такое прозвище было почетным и закреплялось за родом.

Вторая, менее вероятная, но возможная версия: «кари» может быть вариантом тюркского «кары» — «старый», «почтенный». Тогда Санаткари — «почтенный мастер» или «старый ремесленник». Однако арабское «кари» встречается в составе сложных имен и фамилий (например, Абдулкари) гораздо чаще, чем тюркское «кары», поэтому первая версия предпочтительнее.

Фамилия не имеет типичного для русских фамилий суффикса (-ов, -ин, -ский), что прямо указывает на её позднюю фиксацию в документах или на сохранение исходной формы при переходе в русскую среду. Встречается она в основном среди народов Северного Кавказа (чеченцы, ингуши, кумыки), а также у казахов и татар. В русском написании могла закрепиться без изменений, так как не требовала русификации.

По сословной принадлежности предки Санаткари, скорее всего, не относились к дворянству или казачеству. Это фамилия духовного лица или уважаемого ремесленника, грамотного человека — муллы, учителя, мастера-ювелира или оружейника, который одновременно был известен как чтец. Социальный статус — свободный общинник, возможно, из зажиточных крестьян или городских цеховиков.

Географически фамилия привязана к регионам, где ислам был распространён и где ценилось искусство чтения Корана нараспев. В архивах ЗАГСов России фамилия Санаткари — редкость, чаще встречается в вариантах с приставкой или окончанием (например, Санаткариев, Санаткаров), но исходная форма сохранилась у тех семей, кто не менял фамилию при паспортизации в советское время.