Фамилия Санаткина образована от мужского варианта Санаткин, который, в свою очередь, восходит к неканоническому имени или прозвищу Санатка. Это уменьшительно-ласкательная форма с суффиксом -к(а), характерным для русской обиходной речи. Основа — «Санат», которая может быть искажением или народной переделкой крестильного имени Санаксар (греческого происхождения) либо местным вариантом имени Санат (из тюркских языков, где означает «почитаемый» или «благородный»). В любом случае, перед нами типичная «малая» форма, которую в быту использовали для простого и близкого обращения.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Санаткин, то есть сын или потомок Санатки. Такая модель (основа на -а/-я + -ин) в русских фамилиях встречается реже, чем -ов/-ев, и чаще фиксируется в северных и центральных регионах России, где был распространён «материнский» или «прозвищный» тип фамилий. В отличие от фамилий на -ов, которые нередко давали по отцу-землевладельцу, Санаткин мог возникнуть в среде крестьян или посадских людей, где прозвище закреплялось за конкретным человеком без привязки к сословию.

Особенность фамилии — её редкость. Она не входит в списки самых распространённых русских фамилий и не имеет массовой географической привязки. Скорее всего, носители Санаткиных происходят из одного или нескольких локальных гнёзд, где прозвище Санатка было в ходу. В ономастических словарях эта фамилия почти не описана, что делает её «тёмной» для исследователя: точную этимологию можно установить только при наличии региональных архивных записей, например, из переписных книг XVII–XVIII веков.

Если исходить из звучания, нельзя исключать и версию о связи с диалектным словом «санатка» — так в некоторых говорах могли называть сани или санки (уменьшительное от «сани»). В таком случае прозвище Санатка мог получить человек, связанный с изготовлением или ремонтом саней, либо тот, кто часто ездил на санях. Однако это лишь предположение: без письменных источников утверждать что-то однозначно нельзя.