Фамилия Саненков образована по типичной для русских фамилий модели — от прозвища или имени через суффикс принадлежности -ов. Основа здесь — Саненко, а фамилия Саненков буквально означает «сын Саненко» или «потомок Саненко». Такая двойная суффиксация (сначала -енк- как уменьшительный или семейный суффикс, затем -ов- для указания на родство) встречается в русских фамилиях нечасто и говорит о том, что предок носителя фамилии, скорее всего, был выходцем с украинских или южнорусских земель, где форма на -енко (Саненко) была распространённым патронимом или фамилией.

Сама основа Сан- восходит к крестильному имени Александр, которое в народной речи сокращалось до Саня, Санька. От этой формы с помощью суффикса -енк- (указывающего на «маленького» или «сына») и получилось Саненко — «сын Сани». Таким образом, Саненков — это «внук Сани», то есть потомок человека, которого в обиходе звали Саней.

Есть и менее очевидная версия: в некоторых говорах «саненок» могло быть прозвищем человека, занимавшегося изготовлением или ремонтом саней. Однако для фамилии, закрепившейся в письменных источниках, такая ремесленная основа маловероятна: в русской ономастике прозвища от названий предметов обычно давались напрямую (Сани, Саночник), а не в уменьшительной форме на -енок. Поэтому версия с именем Александр выглядит убедительнее.

Фамилия Саненков не относится к числу очень распространённых, но её носители встречаются в разных регионах России, особенно в областях, граничащих с Украиной, — в Курской, Белгородской, Воронежской. В дореволюционных документах фамилия фиксируется в основном в крестьянской и мещанской среде, что подтверждает её «народное» происхождение от просторечной формы имени.