Фамилия Санталин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы разобраться, нужно взглянуть на суффикс: -ин. В русской модели это типичный «притяжательный» суффикс, который образует фамилии от основ, оканчивающихся на -а или -я (сравните: Пушкин, Ильин). Если бы основа кончалась на согласный, мы бы увидели суффикс -ов (Санталов). Значит, в основе лежит слово или имя, которое в именительном падеже звучало как «Сантала» или «Сантал».

Самая вероятная версия ведёт к крестильному имени Сантал, которое является редкой народной формой канонического имени Сандал. Это имя — вариант греческого Sandale, что означает «сандалия» (обувь). В святцах такое имя встречается, хотя и редко. Соответственно, Санталин — «сын Сантала», то есть потомок человека, носившего это имя. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии на -ин от церковных имён — классика русского ономастикона.

Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит прозвище. В некоторых говорах «санталом» могли называть человека, который ходит босиком или в плохой обуви (от той же «сандалии»), либо, наоборот, башмачника. Однако для прозвищной версии странно, что фамилия не закрепилась в форме Санталов, а сохранила именно -ин, что указывает на основу, оканчивающуюся на гласный.

Географически фамилия Санталин встречается в основном в центральной России и Поволжье, но численность её крайне мала. В дореволюционных справочниках она не фиксируется как дворянская или купеческая — скорее всего, это крестьянская фамилия, образованная от имени, которое вышло из обихода ещё в XVII–XVIII веках. Таким образом, носитель фамилии Санталин с большой вероятностью ведёт род от человека по имени Сантал (Сандал), крещёного в честь святого, чьё имя было связано с обувью.